Абалакский Знаменский монастырь был основан в 1783 году указом императрицы Екатерины II на месте существовавшего с 1637 года прихода, связанного с явлением Абалакской иконы Божией Матери «Знамение». Первоначально на этом месте в 1636 году вдове Марии из села Абалак явились образы Богородицы, святителя Николая Чудотворца и преподобной Марии Египетской с повелением построить храм. По благословению архиепископа Нектария в 1637 году был возведен деревянный храм в честь иконы «Знамение» с приделами во имя указанных святых.
После пожара 1680 года на месте деревянного храма в 1683–1691 годах построен каменный Знаменский собор по образцу московских храмов. В середине XVIII века собор был перестроен: устранены внутренние столпы, изменено завершение с пятиглавия на однокупольное, пристроены новые апсиды и притвор. В 1748–1750 годах возведен Никольский храм, а в 1752–1759 годах — церковь преподобной Марии Египетской с колокольней. Эти постройки выполнены в стиле сибирского барокко.
В XIX веке монастырский комплекс дополнили каменной оградой, братскими корпусами, архиерейским домом и гостиницей. В 1854–1855 годах Никольский храм перестроен в крестообразную форму с освящением главного престола во имя Святой Троицы. В 1885 году решением Тобольской Духовной Консистории храмы монастыря были переименованы: Знаменский — в Троицкий, церковь Марии Египетской — в Вознесенскую.
В 1920-е годы монастырь был закрыт, на его территории размещался пересыльный лагерь. В этот период здесь содержался священномученик Петр (Полянский), митрополит Коломенский. Возрождение обители началось в конце XX века. В 2010–2012 годах на территории монастыря построена часовня в честь Новомучеников и исповедников Церкви Русской.
