Иоанно-Введенский монастырь был основан в 1653 году указом архиепископа Сибирского и Тобольского Симеона как мужская обитель. Место для монастыря выбрано после чудесного прозрения слепой девицы Анны в 1638 году во время крестного хода с Абалакской иконой Божией Матери. Первоначально монастырь именовался Иоанновской междугорской пустынью по своему расположению между двумя возвышенностями.
В 1653 году был заложен первый деревянный храм в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи с приделом архангела Михаила. В 1752 году храм сгорел, и на его месте возведена каменная церковь Рождества Иоанна Предтечи, освященная в 1758 году. В XVIII веке построены каменные братские корпуса, кухня и ограда с башнями.
К середине XIX века мужская обитель пришла в упадок. В 1854 году архиепископ Тобольский Евлампий ходатайствовал о преобразовании монастыря в женский. В 1864 году получено высочайшее утверждение, и обитель переименована в Иоанно-Введенскую. Первой настоятельницей стала монахиня Серафима из Туринского Николаевского монастыря.
В 1865-1874 годах при игуменье Дорофее в монастыре освящен Введенский храм, открыто училище для девиц духовного звания, налажено свечное производство и сельское хозяйство. В 1885-1904 годах при игуменье Миропии построены храм-усыпальница, Троицкий собор, открыты приюты и школы. К началу XX века в обители проживало около 250 насельниц.
Монастырь закрыт в 1924 году, здания использовались как интернат и воинская часть. В 1998 году обитель возвращена Русской Православной Церкви. Сохранились храмы Рождества Иоанна Предтечи (1814) и Введения во храм Пресвятой Богородицы, восстанавливается архитектурный ансамбль XVIII-XIX веков.