Местом основания стала пустошь Шевякова, а название обители произошло от реки Малицы, огибавшей монастырь с севера и запада и впадавшей в реку Межурку — приток Волги.
Первоначально монастырь представлял собой скромную обитель с деревянными постройками. После Смутного времени, благодаря усилиям немногочисленной братии, жизнь в монастыре начала постепенно налаживаться. Вокруг обители возникла слобода, что способствовало развитию монастырского хозяйства и укреплению его положения.
В 1675 году монастырь пострадал от сильного пожара, в результате которого все постройки были уничтожены. Согласно преданию, среди пепла была обнаружена икона святителя Николая Чудотворца, чудесным образом уцелевшая в огне. Задняя сторона иконы была обожжена, но лик святителя остался неповреждённым.
В 1676 году, на пожертвования тверского дворянина, стольника Григория Дмитриевича Овцына, вместо сгоревшей деревянной церкви был построен пятиглавый каменный храм во имя Всемилостивого Спаса с двумя тёплыми приделами: святителя Николая и иконы Пресвятой Богородицы Одигитрии. Также были восстановлены братские кельи и другие монастырские постройки.
Во второй половине XVIII века в монастыре началось капитальное каменное строительство. В 1742 году графиня Мавра Георгиевна Шувалова, находясь в свите императрицы Елизаветы Петровны, по дороге из Петербурга в Москву серьёзно заболела и была вынуждена остановиться в Малицкой слободе. После молебна перед чудотворной иконой святителя Николая графиня выздоровела и, в благодарность, дала обет выстроить в монастыре шесть церквей.
С 1751 года начались работы по каменной отстройке монастыря в стиле барокко. Территория монастыря приобрела форму четырёхугольника, обнесённого каменной стеной с четырьмя башнями по углам. В центре располагался перестроенный Спасский собор с приделом святителя Николая и ризницей. К востоку от собора был возведён братский корпус, в южной части — настоятельские покои, а над Святыми вратами — двухъярусная колокольня. По сторонам от врат находились церкви Покрова и Петра Афонского.
В 1863 году, по случаю избавления Твери от холеры, был учреждён ежегодный крестный ход с иконой святителя Николая из монастыря в Тверь. К началу XX века монастырь представлял собой благоустроенный комплекс с несколькими храмами, корпусами и каменными стенами.
В советский период монастырь был закрыт. Окончательно богослужения прекратились в 1939 году. В 1941 году, во время боёв, монастырь был почти полностью разрушен. После войны здания монастыря были разобраны, а материалы использованы для восстановления жилья. Монастырские захоронения были уничтожены.
В 2005 году, по благословению Архиепископа Тверского и Кашинского Виктора, начались восстановительные работы. Были восстановлены братский корпус, домовой храм, благоустроена территория, построены Покровский храм, колокольня, подсобные помещения и трапезная. В 2008 году решением Священного Синода монастырь был воссоздан. В монастыре был принят афонский устав, и богослужения стали совершаться по святогорскому чину. Главным украшением монастырских служб является византийское пение.
