Храм во имя святого пророка Божия Илии в городе Краснодаре (бывшем Екатеринодаре) был основан в начале XX века. Поводом для его строительства послужила эпидемия азиатской холеры, поразившая Кубань в 1892 году. В течение 150 дней от болезни погибло 15 045 человек. 20 июля 1892 года жители Екатеринодара совершили всенародный молебен на пересечении улиц Пашковской и Посполитакинской, обратившись с молитвой к пророку Илии. Они дали обет построить храм в случае прекращения эпидемии. К осени того же года холера отступила.
21 декабря 1901 года горожане обратились к настоятелю Войскового Святого Александра Невского собора с просьбой о содействии в строительстве часовни. Сестры Ирина Андреевна Рощина и Настасья Андреевна Минаева пожертвовали земельный участок стоимостью 4 тысячи рублей с условием возведения не часовни, а молитвенного дома в честь пророка Илии. Участок был передан Екатеринодарскому Александро-Невскому религиозному Братству. 26 октября 1903 года был учрежден Комитет по постройке молитвенного дома, а 2 ноября того же года совершена его закладка.
Проект здания был составлен гражданским инженером Николаем Георгиевичем Петиным безвозмездно. Строительство завершилось в начале 1907 года. 25 февраля 1907 года при большом стечении народа состоялось освящение храма, после чего в нем была совершена первая Божественная Литургия. Храм был рассчитан на 500 молящихся. В 1912 году к нему пристроили колокольню, для которой приобрели четыре колокола весом 8 пудов 20 фунтов и один десятипудовый колокол, пожертвованный состоятельными горожанами.
В 1918 году храм получил статус общеприходского. В 1931 году он был закрыт советскими властями. Богослужения возобновились в ноябре 1942 года во время немецкой оккупации Краснодара. После освобождения города храм продолжал действовать до 5 июля 1963 года, когда был закрыт вновь. В течение последующих 25 лет здание использовалось как склад спортивного инвентаря и пришло в упадок.
В конце 1980-х годов храм был передан Русской Православной Церкви. 27 марта 1990 года начались реставрационные работы, а 2 августа того же года храм был освящен. В 1993 году на алтарной апсиде установили литую латунную икону пророка Илии весом около 500 кг. В 2000 году храму были переданы частицы мощей трех казачьих святых: преподобного Никона, Илии Муромца и Нестора Летописца. С 2002 по 2007 год стены храма были расписаны изображениями, отражающими историю становления православия на юге России.
