В 1998 году, по благословению епископа Екатеринбургского и Верхотурского Никона, была создана женская монашеская община во имя преподобномученицы Елисаветы Феодоровны. В августе того же года община получила в распоряжение здание бывшего детского сада, расположенного во дворе исторического здания Напольной школы.
Первоначально сестры общины занимались обустройством обители и приёмом паломников, посещавших место заключения и гибели членов императорской семьи. Они также оказывали помощь священнослужителям при совершении богослужений, посещали психоневрологический интернат, организовали сестричество милосердия и богадельню для пожилых женщин.
В 2005 году решением Священного Синода Русской Православной Церкви община получила статус женского монастыря. В 2010 году архиепископ Екатеринбургский и Верхотурский Викентий благословил строительство на территории монастыря отдельного храма во имя святой преподобномученицы Елисаветы. Строительство храма началось в 2011 году.
15 июля 2018 года, в преддверии столетия со дня гибели алапаевских мучеников, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл посетил монастырь и совершил чин малого освящения новопостроенного храма в честь святой преподобномученицы Елисаветы.
