В 1993 году в селе Подгоры был основан православный приход в честь пророка Илии. В том же году администрация Волжского района передала Самарской епархии участок земли в 0,49 гектара для строительства и восстановления храмовых сооружений. В 1998 году начались работы по восстановлению сохранившегося каменного храма, построенного в 1860–1890 годах, который был частично разрушен и использовался не по назначению.
10 июня 2003 года, после завершения восстановительных работ, в храме была отслужена первая за последние восемьдесят лет Божественная литургия. В том же году, по указу архиепископа Самарского и Сызранского Сергия, при храме был создан Заволжский Свято-Ильинский женский скит. В июле 2003 года прибыли первые насельницы, и началась монашеская жизнь.
4 августа 2003 года архиепископ Сергий совершил малое освящение восстановленного храма. С февраля 2005 года в обители начались регулярные богослужения по полному уставному чину, включая непрерывное чтение Неусыпаемой псалтырь.
22 октября 2007 года, после завершения строительства деревянной церкви во имя священномученика Константина Сухова, состоялось её освящение архиепископом Самарским и Сызранским Сергием. В том же году была построена домовая церковь во имя великомученицы Анастасии Узорешительницы в игуменском доме.
На территории монастыря была возведена каменная ограда, построены келейные корпуса, игуменский дом, дом для священнослужителей, а также хозяйственные постройки, включая птичник и хлев для коз. Был обустроен монастырский сад и проведён водопровод.
Монастырь активно занимается различными ремёслами: швейным, златошвейным, вышивальным и иконописным. Также действует городское подворье монастыря в Самаре, где расположен храм в честь иконы Божией Матери «Знамение».
С момента основания монастыря его возглавляла игуменья Анастасия (в миру Ирина Петровна Шестун). Она родилась 19 января 1952 года в Самаре, была преподавателем физики и посвятила свою жизнь церковному служению. Скончалась 22 июня 2013 года и была похоронена в монастыре.
С 2 октября 2013 года настоятельницей монастыря является игуменья Нина (в миру Механикова), ранее занимавшая должность благочинной обители.
