В начале 2000-х годов при самарском храме во имя преподобного Сергия Радонежского сформировалась монашеская община. В 2003 году эта община основала скит на противоположном берегу Волги, в полутора километрах от села Подгоры, у подножия горы Плаксиха, где находится источник, названный в честь пророка Илии. В 2006 году в скиту был освящён храм, что стало важным этапом в развитии обители.
Решением Священного Синода от 16 мая 2007 года скит был преобразован в мужской монастырь. К 2008 году в монастыре проживало около 20 насельников, включая 5 иеромонахов и 2 иеродиакона, под руководством наместника игумена Георгия.
Монастырская территория разделена на две части. В первой находятся престольный храм, источник и несколько келий; остальная часть расположена на территории скита, доступ к которой ограничен и возможен только с разрешения игумена. В обители разбит фруктовый сад, очищено близлежащее озеро для разведения рыбы, имеются огород и мастерские для трудников. Также функционируют скотный двор и пасека. Построены два деревянных храма, братская трапезная, кельи и паломнический дом.
В Самаре действует монастырское подворье на базе Троице-Сергиева храма, прихожане которого составили ядро монашеской общины. Некоторое время к Заволжскому мужскому монастырю был приписан храм в честь Успения Пресвятой Богородицы, восстанавливаемый в селе Новинки, позднее ставший подворьем Заволжского женского монастыря.
Главный монастырский храм построен в 2006 году по проекту самарского архитектора Николая Жоголева в традициях северного теремного зодчества. Для строительства использовано около 200 кубометров ели, привезённой из Тверской области. Камень для фундамента доставлен из Сокского карьера. Крест храма вырезан из розового дуба, а купол украшен около 1500 деревянными чешуйками из осины — лемехами. Освящение храма состоялось 14 августа 2006 года.
При храме находятся две мозаичные иконы: пророка Илии и святого благоверного князя Олега Брянского. Они изготовлены в самарской мастерской Валерия Молчанова из уральской яшмы, чароита, кварца и родонита.
Второй храм, также деревянный, освящён в 2008 году в честь Нектария Эгинского и расположен на территории одноимённого скита.
В Самаре на монастырском подворье действует Троице-Сергиев храм. В 1996 году был создан приход в честь преподобного Сергия Радонежского, а в 1997 году состоялись первые богослужения в новом храме, перестроенном из здания магазина. В начале 2000-х годов по проектам архитектора Пшенникова проведена реконструкция храма, к которому были пристроены приделы, впоследствии освящённые во имя Святой Троицы и иконы Божией Матери «Державная», после чего храм стал называться Троице-Сергиевым. Клир храма состоит из трёх священников и двух диаконов. Среди святынь храма иконы Божией Матери «Неупиваемая Чаша», святителя Николая Чудотворца; частицы мощей преподобных Феодора Санаксарского, Иоасафа Снетогорского, Корнилия Крыпецкого, святого праведного Феодора Ушакова.
Богослужения в монастыре совершаются по полному уставному чину: полунощница, утреня, часы, литургия — в 5 часов; вечерня и повечерие — в 17 часов; в воскресные и праздничные дни литургия совершается в 7 утра. В остальное время братия занимается различными хозяйственными работами в монастыре, отводится время для общения с паломниками и молитв. Монашеские кельи скромные, в них отсутствует электричество. На временное проживание в обители допускаются лишь паломники-мужчины, которым предоставляется помещение и пропитание.
