Монастырь был основан в 1600 году царём Борисом Годуновым. Первое документальное упоминание об обители относится к 1635 году. Название «Заиконоспасский» связано с его расположением за иконными рядами на Никольской улице, где традиционно торговали иконами.
В 1660 году, при царе Алексее Михайловиче, был заложен двухэтажный каменный собор. В нижнем этаже разместили храм во имя Спаса Нерукотворного Образа, а в верхнем — во имя иконы Богородицы «Всех скорбящих Радость». Средства на строительство собора предоставил воевода князь Фёдор Волконский. Строительство завершилось 20 ноября 1661 года.
В 1665 году управление монастырём принял Симеон Полоцкий, при котором была учреждена школа для подготовки подьячих Приказа тайных дел. С этого времени монастырь стал известен как «учительский». В 1687 году сюда переехала основанная в 1685 году братьями Иоанникием и Софронием Лихудами школа, именовавшаяся «Еллино-Греческими» или Спасскими школами. Это первое в Великороссии высшее учебное заведение было устроено по образцу Киево-Могилянской академии и позже стало называться Славяно-греко-латинской академией.
Монастырь и его постройки неоднократно страдали от пожаров, особенно в 1701 и 1737 годах. После этих событий проводились перестройки монастырских храмов и зданий по проектам архитекторов Ивана Зарудного, Ивана Мичурина, Михаила Преображенского и Зиновия Иванова.
После секуляризации церковных земель в XVIII веке обитель стала второклассным ставропигиальным необщежительным мужским монастырём. Образовательное значение монастыря снизилось после основания Московского университета. В 1814 году Славяно-греко-латинская академия была переведена в Троице-Сергиеву лавру, получив наименование Московской духовной академии, а в корпусах академии разместилось Заиконоспасское духовное училище.
В 1900 году на Никольской улице были построены два торговых помещения монастыря в русском стиле и высокая надвратная колокольня, включившая в себя прежние Святые ворота.
После революции 1917 года монастырь был закрыт. В 1922 году собор монастыря стал центром обновленческого Союза церковного возрождения, который был закрыт в 1929 году. В 1931 году в одном из зданий монастыря разместилась советская телестудия, где велись опытные телепередачи. С 1934 года отсюда началось регулярное звуковое телевещание, продолжавшееся до 1941 года.
Богослужения в соборном храме Спаса Нерукотворного возобновились в июле 1992 года. Он получил статус Патриаршего подворья. В феврале 1993 года в монастыре открылся Российский православный университет, который позже переехал в Высоко-Петровский монастырь из-за аварийного состояния собора и отсутствия помещений.
20 февраля 2010 года монастырь посетил патриарх Кирилл, что стало первым патриаршим богослужением в обители после 310-летнего перерыва. Священный синод 5 марта того же года благословил открытие Заиконоспасского ставропигиального мужского монастыря, выделив его из Патриаршего подворья бывших Заиконоспасского и Никольского монастырей в Китай-городе Москвы.
От монастырского ансамбля до наших дней дошли собор, братский корпус, торговые ряды, доходный дом с колокольней и здание Коллегиума Славяно-греко-латинской академии. Ныне существующий Спасский собор включает в себя объём предшествовавшего ему храма 1661 года. Состоит из нижней церкви с трапезной 1701 года и верхней. С севера и запада под папертью верхнего храма к нижней церкви примыкают двухэтажные кельи.
