В 1360 году святитель Алексий, митрополит Московский, основал на митрополичьих землях женский монастырь, посвятив его Зачатию святой Анны. Первоначально монастырь состоял из деревянных построек, включая церковь во имя преподобного Алексия, человека Божия, и собор Зачатия святой Анны. Первыми насельницами обители стали родные сестры митрополита Алексия — игумения Иулиания и монахиня Евпраксия.
В 1547 году монастырь полностью сгорел во время Большого Московского пожара. После этого было принято решение о его переносе ближе к Кремлю, в район Чертолье, где он стал известен как Алексеевский монастырь. На прежнем месте, между улицей Остоженка и рекой Москвой, был вновь устроен Зачатьевский монастырь.
В XVII веке обитель продолжала развиваться. В 1629 году пожар вновь уничтожил все постройки монастыря. Однако в том же году, после рождения у царя Михаила Фёдоровича наследника Алексея, были выделены значительные средства на восстановление обители. К 1634 году мастера Антип Константинов и Трефил Шарутин построили в монастыре двухшатровый храм, один главный престол которого был освящён во имя Преображения Господня с Тихвинским и Зачатьевским приделами, а второй — во имя Алексия, человека Божия. Этот храм стал значимым памятником архитектуры XVII века.
В XVIII веке монастырь продолжал расширяться. В 1744 году была построена новая каменная церковь во имя Рождества Пресвятой Богородицы. В 1757 году возведена колокольня в стиле барокко. В 1844–1850 годах внутри монастырских стен была выстроена богадельня с церковью Сошествия Святого Духа под византийским куполом по проекту архитектора М.Д. Быковского.
В начале XX века, в 1912 году, по заказу монастыря архитектором Л.В. Стеженским на Никитском бульваре был построен доходный дом, средства от которого предназначались для поддержки обители.
После Октябрьской революции 1917 года монастырь был закрыт в 1918 году, а его здания использовались для различных светских нужд. В 1929 году были снесены основные храмы и постройки обители.
Возрождение монастыря началось в конце XX века. В 1991 году территория бывшего монастыря была возвращена Русской Православной Церкви. В 1995 году обитель получила статус ставропигиального монастыря, подчиняясь непосредственно Патриарху Московскому и всея Руси.
В период с 2008 по 2010 годы были проведены масштабные реставрационные работы по восстановлению утраченных храмов и зданий монастыря. Были воссозданы собор Рождества Пресвятой Богородицы, церковь Сошествия Святого Духа и колокольня. Архитектурный ансамбль монастыря сочетает элементы московского барокко и византийского стиля.
В настоящее время Зачатьевский монастырь является действующей обителью, где совершаются регулярные богослужения. Монастырь также занимается образовательной и просветительской деятельностью, поддерживает социальные проекты и оказывает помощь нуждающимся.
