Село Лопасня, на территории которого находится храм, впервые упоминается в документах 1628 года как вотчина рода Васильчиковых. В 1689 году стольник Савва Лукьянович Васильчиков начал строительство каменной церкви на месте прежней деревянной. Строительство завершилось в 1694 году, и храм был освящён во имя Зачатия праведной Анной Пресвятой Богородицы.
Архитектурно храм представляет собой кирпичное пятиглавое сооружение в стиле московского узорочья конца XVII века. Квадратный в плане с трёхчастной апсидой, он украшен ложными полукруглыми закомарами и увенчан стройным пятиглавием на глухих барабанах. Окна обрамлены наличниками с полуколонками и килевидными завершениями, а широкий карниз декорирован рядами поребриков.
В 1821 году к храму была пристроена трапезная с приделами во имя святителя Николая и в честь зачатия Иоанна Предтечи. В 1828 году возведена трёхъярусная колокольня в стиле ампир с изящной ротондой из двенадцати колонн, на которых покоится небольшой купол и шпиль с крестом.
После революции 1917 года храм подвергся разорению, священнослужители были репрессированы. В 1962 году церковь закрыли, и её здание использовалось как склад. Внутреннее убранство, включая великолепный иконостас и церковную утварь, было утрачено.
В 1988 году, к тысячелетию Крещения Руси, храм был возвращён Русской Православной Церкви. Стараниями верующих началось восстановление здания. Первая Божественная литургия после восстановления состоялась на Сретение Господне. В росписи стен приняли участие художники Алексей Бандин и Вадим Овсянников.
На территории храма находится фамильный некрополь, где похоронены представители рода Васильчиковых, а также потомки поэта Александра Сергеевича Пушкина, включая его старшего сына Александра Александровича Пушкина и его супругу Софью Александровну, урождённую Ланскую.
Рядом с храмом располагался святой источник, освящённый в честь праведных Иоакима и Анны, к которому приезжали паломники, желающие иметь детей. Родник высох после проведения дренажных работ в 2013 году.
