Село Рождествено, расположенное на берегу реки Истры, известно с XVI века. Первое упоминание о храме в селе относится к 1628 году, когда в приходной книге Патриаршего Казенного приказа упоминается церковь Рождества Христова в государевом дворцовом селе Рождествено. К 1646 году при храме служили священник, дьячок и пономарь, а в селе и двух прилегающих деревнях насчитывалось 66 крестьянских и 9 бобыльских дворов.
В 1682 году деревянная церковь Рождества Христова описывалась как шатровая с трапезной и папертями с трёх сторон. Внутреннее убранство включало царские двери с сенью, образ Живоначальной Троицы с серебряными венцами, а также иконы Рождества Христова, Московских чудотворцев Петра, Алексея и Ионы, Алексея человека Божия и других святых. Колокольня на столбе имела три колокола общим весом около пяти пудов.
В 1810 году владелец усадьбы Рождествено, граф Иван Павлович Кутайсов, начал строительство нового каменного храма в стиле позднего классицизма с элементами школы Матвея Казакова. В 1820 году храм был освящён, а в 1823 году завершено его окончательное строительство. Храм имел приделы во имя Иоанна Предтечи и святых апостолов Петра и Павла.
В 1834 году в правом приделе церкви был похоронен граф Иван Павлович Кутайсов, а в 1848 году — его супруга Анна Петровна. В 1889 году генерал-майор свиты Илларион Николаевич Толстой, наследник Кутайсовых по женской линии, построил церковно-приходскую школу при храме.
В 1938 году храм был закрыт, но во время Великой Отечественной войны не пострадал. После войны здание использовалось как хранилище удобрений, при этом была сорвана крыша. В 1997 году храм был передан общине, и в 1999 году на нём был воздвигнут крест. Церковь была восстановлена, однако реставрационные работы продолжаются. К храму приписана часовня Александра Свирского.
Архитектурно храм представляет собой центрическое, бесстолпное крестообразное в плане сооружение с полукруглым выступом апсиды. Сложный силуэт завершения храма образован сферическим куполом с четырьмя люкарнами, над которым возвышается восьмигранный барабан с главкой. Декор фасадов церкви состоит из горизонтальных тяг, делящих здание по высоте на три части, пилястр и филёнок. Над тремя фасадами помещены простые фронтоны. Трёхъярусная колокольня — два восьмерика на четверике — усложняет композицию храма.