Первое упоминание о церкви Воскресения в Молодях встречается в «Истории государства Российского» Н. М. Карамзина при описании битвы русских войск под предводительством князя Михаила Воротынского с войском крымского хана Девлет-Гирея в 1572 году. Как описывает Н. М. Карамзин, битва произошла «1 августа, в пятидесяти верстах от столицы у Воскресения в Молодях». С тех времён существовал деревянный храм.
В середине XVII века церковь Воскресения Христова стояла на погосте в Молодях. В 1646 году деревня принадлежала новокрещённому Федоту Измет-ильдееву, сыну Резанову, и приближённому к царской семье дворянину Прокофию Фёдоровичу Соковнину. При Соковниных погост в Молодях слился с деревней, появилось село Молоди. В это же время владельцами села выстроено новое деревянное здание церкви.
В 1699 году царём Петром I Молоди было пожаловано выдающемуся деятелю русской истории петровского времени боярину Фёдору Алексеевичу Головину. В 1703 году началось строительство каменного храма. 14 мая 1706 года по благословению митрополита Стефана (Яворского), патриаршего местоблюстителя, был выдан антиминс к освящению вновь построенного храма.
Следующая крупная перестройка, после которой церковь приобрела современный вид, проведена в 70–80-х годах XVIII века, по-видимому, помещиком Алексеем Ивановичем Салтыковым. По проекту неизвестного архитектора размеры храма были значительно увеличены. В трапезной разместились два новых придела, были вновь отстроены две башни-колокольни. С северной и южной части здания появились два одинаковых притвора с фронтонными завершениями. Внутри церковь вновь расписали масляными красками.
После смерти хозяина села Молоди А. И. Салтыкова, в конце 1770-х годов у ограды храма с восточной стороны, в нескольких метрах от алтаря, была построена усыпальница. Кирпичное, прямоугольное здание с невысокой шатровой кровлей в виде пирамиды стало последним прибежищем помещика.
В дальнейшем с середины XIX до середины XX века в храме проводились лишь ремонтные работы и незначительные перестроения. В середине XIX века селом владела А. Д. Бестужева. Последним владельцем был А. И. Бородин. В 1913–1916 годах в его запущенной усадьбе семья художника Л. О. Пастернака снимала дачу.
После ареста настоятеля храма священника Михаила Рыбина церковь Воскресения Христова в селе Молоди была закрыта и использовалась как зернохранилище. По окончании войны, в 1946 году, по настоятельным просьбам верующих, в стенах храма вновь начались богослужения.
19 июня 1961 года местная власть вынесла постановление об изъятии здания церкви у общины верующих. Воскресенский храм был вновь передан верующим в 1991 году.
