История Важкурского Богородице-Рождественского монастыря восходит к началу XVIII века, когда в 1700 году в деревне Важкурья была устроена часовня в честь Рождества Пресвятой Богородицы. Часовня, возобновленная в 1731 году, была построена «по подобию церкви» и приписана к Пезмогской Прокопьевской церкви. С 1820 года местные крестьяне неоднократно обращались к епархиальному начальству с прошениями о строительстве церкви и назначении причта.
В 1848 году тщанием крестьян был отстроен деревянный храм, а в 1854 году открыт Важкурьинский приход. После пожара 1875 года под здание церкви временно приспособили церковно-приходскую школу. В 1878 году по проекту архитектора Васильченко местным крестьянином Андреем Удоратиным был построен новый деревянный храм, освященный 22 ноября 1878 года в честь Собора Пресвятой Богородицы. В 1890 году церковь была обшита тёсом и отбелена снаружи, а в 1893 году выкрашена внутри в небесно-голубой цвет.
В начале XX века жители Важкурьинского прихода инициировали строительство каменного храма. Средства собирались путем самообложения крестьян и частных пожертвований. Проект храма, составленный техником Усть-Сысольского земства И.Я. Першиным, был утвержден в 1907 году. Подряд на строительство получил мастер каменных дел Н.Г. Кононов. Здание церкви возводилось в 1907–1914 годах, отделочные работы продолжались до 1916 года, когда храм был освящен в честь Собора Пресвятой Богородицы. Архитектурный стиль храма сочетает элементы псевдорусского стиля и барокко, с пятиглавым завершением и шатровой колокольней.
В 1938 году храм был закрыт советскими властями и передан под культурные учреждения. Возрождение началось в 1989 году с регистрации общины верующих. Реставрационные работы по проекту архитектора Е.А. Беляевой проводились с 1991 по 1996 год. 16 мая 1996 года восстановленный храм был переосвящен во имя Рождества Пресвятой Богородицы. Осенью того же года храм передан новообразованному скиту, который 2 октября 1997 года был преобразован в мужской монастырь.
В 1997 году на территории монастыря был построен храм в честь великомученика Пантелеимона, а также часовня-источник в его честь. В 1999 году завершена реставрация главного храма монастыря — Рождества Пресвятой Богородицы, включая позолоту куполов и шатра колокольни. Монастырь следует строгому уставу монашеской жизни, основанному на скитских уставах Василия Великого и Нила Сорского.