Монастырь был задуман как аналог Иверского монастыря на горе Афон и стал одним из трёх монастырей, учреждённых Никоном, наряду с Новоиерусалимским и Крестным.
В 1653 году началось строительство монастыря. К осени были возведены две деревянные церкви: соборный храм в честь Иверской иконы Божией Матери и тёплый храм во имя святителя Филиппа Московского. Первым настоятелем был назначен архимандрит Дионисий. В феврале 1654 года патриарх Никон переименовал посад Валдайский в село Богородицкое и освятил Валдайское озеро, опустив на его дно Евангелие и крест. Монастырь получил название Святоозерский.
В 1655 году в монастырь переселилась братия белорусского Оршанского Кутеинского монастыря, включая будущего патриарха Иоакима и Исаакия Полоцкого. Они привезли с собой типографию, что способствовало развитию книгопечатания и переплётного мастерства в обители.
К 1656 году был завершён Успенский собор, освящённый 16 декабря того же года. Собор отличался простотой и монументальностью архитектурных форм. В 2008 году он был переименован в собор в честь Иверской иконы Божией Матери.
В 1712 году монастырь был приписан к Александро-Невскому монастырю в Санкт-Петербурге, что привело к упадку обители. В 1764 году монастырь был включён в первый класс духовных штатов и поставлен на второе место в Новгородской епархии после Свято-Юрьева монастыря.
В 1919 году монастырь был преобразован в Иверскую трудовую артель, насчитывавшую 70 человек и владевшую 200 гектарами земель. В 1927 году артель была ликвидирована, а монастырь закрыт. В последующие годы здания монастыря использовались под различные нужды, включая музеи, мастерские, дом инвалидов и санаторий.
В 1991 году монастырь был возвращён Русской Православной Церкви и передан Новгородской епархии. Начались восстановительные работы, и в 1998 году была освящена церковь Богоявления. В 2007 году завершилась комплексная реставрация монастыря. В 2008 году патриарх Алексий II освятил восстановленный Успенский (Иверский) собор.
Архитектурный ансамбль монастыря включает:
Собор Иверской иконы Божией Матери (1653–1656)
Трапезную Богоявленскую церковь (1657–1658)
Надвратную церковь Михаила Архангела (1680-е годы)
Надвратную церковь Филиппа, митрополита Московского (1874)
Больничную церковь Иакова Боровичского (1702, перестроена в XIX веке)
Шатровую колокольню (1679–1689)
Наместнический корпус (XVII век)
Казначейский корпус (1680-е годы)
Братский корпус (начало XVIII века)
Каменную ограду с башнями (XVIII век)
