В 1657 году монах Тихон поселился на берегу Енисея вблизи устья реки Нижняя Тунгуска, где построил деревянную часовню и келью. В 1660 году он отправился в Тобольск, где принял священнический сан и получил от архиепископа Сибирского и Тобольского Симеона указ об основании монастыря. В том же году был основан Троицкий Туруханский монастырь, а на месте часовни построен храм Живоначальной Троицы.
В 1670 году в монастырь были перенесены мощи святого Василия Мангазейского, что способствовало увеличению числа паломников. Царскими указами 1662, 1664 и 1689 годов за монастырём были закреплены рыболовные угодья и земли, что способствовало развитию монастырского хозяйства. В конце XVII века монастырь получил в наследство соляные ключи и крупнейший в Сибири солеваренный завод.
В 1726 году пожар уничтожил множество деревянных построек монастыря и архивные материалы, включая описания жития основателя обители Тихона. В 1764 году, после секуляризационной реформы, монастырь был причислен к 3-му классу, что привело к сокращению числа монахов. К 1914 году в монастыре проживало всего 8 насельников.
В монастыре была создана школа для обучения детей коренных народов Сибири русскому языку, которая просуществовала до прихода к власти большевиков. Монастырь также служил местом ссылки с 1730 года; в нём находился декабрист Николай Бобрищев-Пушкин в 1827 году. В 1860-х и 1870-х годах в монастыре содержались священнослужители, подвергшиеся церковным наказаниям. К концу XIX века монастырь отказался от пенитенциарной деятельности.
В 1921 году монастырь был закрыт, а храм Живоначальной Троицы продолжал функционировать как приходской до 1930 года. В 1925—1926 годах в храме служил святитель Лука (Войно-Ясенецкий) во время своей первой ссылки в Туруханском крае. После закрытия храм использовался для административных и хозяйственных нужд.
В 1990 году в Туруханске был воссоздан православный приход, а 8 июля 1991 года состоялось первое богослужение в переданном верующим храме Живоначальной Троицы. Устав возрождённого монастыря был зарегистрирован 18 июля 1996 года. В настоящее время монастырь входит в состав Норильской и Туруханской епархии Русской Православной Церкви.
Каменный храм Живоначальной Троицы, освящённый 29 ноября 1801 года, сохранился до наших дней. После возрождения монашеской жизни в братском корпусе монастыря был освящён домовый храм в честь святителя Луки (Войно-Ясенецкого).
