Монастырь был основан в 1533 году преподобным Трифоном Печенгским (в миру Митрофан), который прибыл на Кольский полуостров с миссионерской целью обращения местного саамского населения в православие. Обитель была заложена при впадении реки Мана (ныне Нама-Йоки) в Печенгу. В 1548 году, после вынужденного ухода Трифона из монастыря, братия самовольно перенесла монастырь ближе к устью Печенги, в место удобное для промысла и торговли.
В декабре 1589 года монастырь подвергся нападению финского отряда, подданных шведского короля. Финны перебили всех находившихся в монастыре, после чего сожгли обитель. После этого монастырь был переведён на территорию Кольского острога, к церкви Благовещенья Пресвятой Богородицы.
В 1764 году монастырь был упразднён указом императрицы Екатерины II в рамках секуляризационной реформы. Однако в 1886 году Святейший Синод принял решение о возобновлении Печенгского монастыря. Силами соловецкой братии Трифонов Печенгский монастырь в начале XX века при настоятеле архимандрите Ионафане достиг высокого духовного и хозяйственного уровня.
После Октябрьской революции 1917 года монастырь оказался на территории Финляндии в соответствии с условиями Тартусского мирного договора 1920 года. В период с октября 1921 года по октябрь 1931 года настоятелем монастыря был игумен Иакинф (впоследствии схиигумен Иоанн), известный как Валаамский старец. 30 ноября 1939 года началась советско-финляндская война, которая нанесла большой урон монастырю и братии.
20 октября 1997 года Святейший Синод утвердил Постановление о восстановлении Трифонов Печенгского монастыря и был назначен первый наместник в посёлке Печенга. В 2009 году началось строительство монастыря на историческом месте упокоения преподобного Трифона в районе посёлка Луостари, где находилась могила преподобного Трифона Печенгского. Кроме того, там были похоронены мученики Иона и Герман, первыми пострадавшие от меча разбойников при разорении монастыря в XVI веке. В 2012 году братия переселилась на территорию новоотстроенного монастыря.
В архитектурном плане современный монастырь представляет собой комплекс деревянных зданий, выполненных в традиционном северорусском стиле. Центральным сооружением является храм, окружённый другими монастырскими постройками, включая братские корпуса и хозяйственные здания. В крипте храма Рождества Христова в алтарной части находятся мощи 116 мучеников, погибших в 1589 году во время нападения финского отряда шведского короля.
