10 декабря 1996 года состоялось первое приходское собрание, положившее начало формированию прихода Свято-Никольской церкви. 2 января 1999 года епископ Симон доставил в Заозёрск миро от мощей святителя Николая — покровителя города и моряков-подводников. 15 августа 1999 года было освящено место для будущего храма и установлен крест, а 18 марта 2000 года епископ Симон совершил освящение построенного храма.
Деревянная церковь была возведена мастерами из города Каргополь Архангельской области. Здание представляет собой традиционное деревянное сооружение, характерное для русского северного зодчества. В 2001 году был изготовлен и освящен иконостас, а колокола для храма были отлиты в городе Воронеже.
Храм служит памятником воинской доблести и посвящен памяти погибших подводников. На западной стене церкви установлена памятная доска с именами воинов-подводников, отдавших жизнь за Родину. Приход активно взаимодействует с воинскими частями гарнизона, участвуя в совместных мероприятиях, таких как День Подводника, День Победы и траурные церемонии в память о погибших на атомной подводной лодке «Комсомолец».
