Свято-Троицкий Селенгинский монастырь был основан в 1681 году по указу царя Фёдора Алексеевича. Монастырь располагался на берегу реки Селенги и выполнял миссионерскую функцию среди местного населения. В XVIII веке он стал одним из центров духовной жизни Забайкалья. В 1764 году монастырь был включён в число штатных монастырей Российской империи.
В 1920-х годах монастырь был закрыт советской властью, а его здания частично разрушены. В 2000 году началось возрождение монашеской жизни на территории монастыря. Скит в честь Владимирской иконы Божией Матери в селе Малый Куналей был основан как подворье Свято-Троицкого Селенгинского монастыря. Село Малый Куналей расположено в Бичурском районе Республики Бурятия.
Архитектурный ансамбль скита включает храм, построенный в традициях русского церковного зодчества. Владимирская икона Божией Матери, в честь которой освящён скит, является одной из наиболее почитаемых в Русской Православной Церкви. Исторически эта икона связана с защитой русских земель от нашествий.
В 2010-х годах скит был официально зарегистрирован как часть Свято-Троицкого Селенгинского монастыря. Богослужения в скиту совершаются согласно уставу Русской Православной Церкви. При ските действует небольшое монашеское братство, занимающееся хозяйственной и духовной деятельностью.