Свято-Покровский женский монастырь в Якутске ведет свою историю с 1980 года, когда был построен деревянный храм, первоначально освященный во имя святителя Николая Чудотворца. Храм стал единственным действующим православным храмом города на момент воссоздания Якутской епархии в 1993 году. В 1998 году, после восстановления Никольского собора в Якутске, храм был переосвящен в честь Покрова Пресвятой Богородицы.
21 февраля 1996 года Священный Синод Русской Православной Церкви принял решение о создании при храме женского монастыря. Впоследствии был построен каменный сестринский корпус, в котором разместились домовый храм, крестильный зал, кельи сестер, класс для занятий воскресной школы, миссионерский отдел и трапезная. Домовый храм был освящен во имя преподобномучениц великой княгини Елисаветы и инокини Варвары в 2004 году, после принесения их мощей в монастырь.
Монастырь расположен на болотистой местности, что создавало определенные трудности для его функционирования. В теплое время года храм часто оказывался в воде, что привело к повреждению основания и необходимости реконструкции алтарной части, а затем и всего храма.
В первые годы существования монастыря насельницы жили в храме, спали на лавочках, пока не был построен сестринский корпус. Основными послушаниями сестер являются богослужебное пение, выпечка просфор для храмов Якутска и миссионерская деятельность в отдаленных районах республики.
Монастырь продолжает традиции женского монашества в Якутии, которые прерывались в советский период. До революции в городе существовал женский монастырь в честь Покрова Пресвятой Богородицы, но он был упразднен при советской власти.