Монастырь во имя Спасителя Иисуса Христа, также известный как Якутский Спасский монастырь, был основан при Якутском остроге в 1640 году игуменом Нафанаилом, прибывшим из Вологды. Основание обители осуществлено на пожертвования царя Михаила Фёдоровича. Первая монастырская церковь была освящена во имя преподобного Михаила Малеина. Монастырь стал первым православным мужским монастырем на северо-востоке России и единственным в Якутии.
В 1663 году служилые люди Якутского острога приняли решение о создании монастыря во имя Спаса, избрав Ивана Афанасьевича Овчинникова строителем обители. В 1663–1665 годах монастырь получил пожертвование от царя Алексея Михайловича, на которое была построена Спасская церковь. Братия монастыря, помимо совершения богослужений, занималась распространением православной веры и грамотности среди местного населения.
В 1735 году по указанию епископа Иркутского Иннокентия (Неруновича) при монастыре была организована первая в Якутии школа для обучения грамоте местных детей. Школа функционировала до 1747 года. В 1764 году в ходе секуляризационной реформы Екатерины II монастырь был исключен из штата синодального ведомства и перешел на содержание за счет пожертвований.
В 1800 году на основании указа императора Павла I при монастыре была учреждена школа для обучения якутского юношества христианскому закону. В 1818 году школа преобразована в Якутское духовное училище. В 1853–1860 годах в монастыре пребывал святитель Иннокентий (Вениаминов), первый архиерей с резиденцией в Якутске. При нём велось активное строительство, включая возведение архиерейского дома с крестовой церковью (1859) и каменного храма в честь Нерукотворного образа Спасителя (1866).
В 1870 году монастырь передан в подчинение епархиальному архиерею в связи с образованием самостоятельной Якутской епархии. В 1884 году при обители открыты миссионерское училище и духовная семинария, а в 1888 году — женское епархиальное училище. К началу XX века на территории монастыря располагались три храма, колокольня и каменные кельи.
В марте 1919 года монастырь был закрыт Якутским ревкомом. К 1921 году обитель прекратила существование как хозяйствующий субъект, а её здания переданы Краеведческому музею. Большинство построек, включая каменный Вознесенский собор и келейный корпус, были разрушены. Сохранились лишь архиерейские покои, позднее занятые Якутским государственным музеем истории и культуры народов Севера.
В августе 2011 года началось восстановление монастыря. 19 августа заложен Спасский храм, а 2 октября 2013 года решением Священного Синода Русской Православной Церкви монастырь учрежден официально. В настоящее время продолжается восстановление исторического облика обители.