История монастыря начинается с 1991 года, когда 6 июня Корсаковский городской Совет народных депутатов принял решение о необходимости строительства православной церкви в городе. 19 июня того же года был официально зарегистрирован православный приход Покрова Божией Матери в Корсакове. С ноября 1992 года богослужения стали проводиться в помещении по адресу улица Окружная, 60. В марте 1993 года настоятель прихода отметил увеличение числа прихожан и необходимость строительства нового храма.
Летом 1995 года православному приходу были переданы в собственность помещения Матросского клуба, построенные в 1959 году, вместе с земельным участком и хозяйственными строениями. Здание было переоборудовано под храм, и на Рождество Христово прихожане пришли в новое помещение.
1 апреля 1999 года решением Священного Синода Русской Православной Церкви приход был преобразован в мужской монастырь. Несмотря на неустроенный быт и отсутствие коммуникаций, насельники монастыря занимались обустройством обители. 28 сентября 2000 года название прихода было изменено на «Местная православная религиозная организация Приход Покрова Божией Матери».
21 сентября 2010 года монастырь посетил Патриарх Московский и всея Руси Кирилл, который дал высокую оценку значению этой обители. Сегодня монастырь является одним из наиболее обустроенных мест города, здесь сохраняется всё, что связано с историей места, обитель постоянно облагораживается. Руководство и братия монастыря бережно относятся к истории Сахалина, особенно к каторжному периоду и периоду русско-японской войны, прилагая усилия для изучения этих этапов и увековечения памяти о событиях.
В монастыре имеются святыни, включая иконы с частицами мощей старцев Оптинских, праведного Иоанна Кронштадтского, преподобных сестёр Дивеевских, а также иконы Пресвятой Богородицы «Казанская», «Киккская» и другие. Также имеется богослужебное напрестольное Евангелие с серебряным окладом, дар Патриарха Кирилла в память о посещении обители в 2010 году.
