История православного присутствия на территории современного Усть-Кута начинается с 1631 года, когда сибирские первопроходцы основали Усть-Кутский острог. На его территории была возведена первая деревянная церковь, ставшая духовным центром для местных жителей. В течение последующих столетий на этом месте сменяли друг друга храмы, отражая изменения в архитектурных стилях и потребностях прихожан.
В 1930 году третий по счёту храм, находившийся на этом месте, был уничтожен пожаром. Впоследствии, в советский период, на месте бывшего храма была построена часовня, которая в 2008 году начала преобразовываться в полноценный храм. Строительство велось на пожертвования прихожан и средства, выделяемые Успенским приходом. В течение нескольких лет были установлены шатёр и звонница, а также проведены работы по реконструкции центральной части здания. В 2017 году в храме был установлен главный колокол весом 326 кг, отлитый в городе Каменск-Уральский. На колоколе имеется памятная надпись: «Сей колокол отлит для Свято-Никольского храма, что возведен на месте усть-кутского острога».
Архитектурно храм представляет собой деревянное здание с шатровой крышей и звонницей. Общая высота конструкции достигает 16 метров, что делает его самым высоким строением в микрорайоне старого Усть-Кута. Фасады здания облицованы деревянными панелями, купол покрыт металлической кровлей. Внутреннее пространство храма украшено иконостасом и росписями, выполненными в каноническом православном стиле.
