Село Шкинь, расположенное на правом берегу реки Северки, имеет древнюю историю, восходящую к XV веку. В XVIII веке село принадлежало роду московских бояр Бибиковых. В имении находилась деревянная церковь Святого Архистратига Михаила. В 1795—1800 годах на средства владельца имения, бригадира и кавалера Гаврилы Ильича Бибикова, была выстроена каменная церковь в честь Сошествия Святого Духа. Авторство проекта приписывается архитектору Родиону Родионовичу Казакову, а строительство велось под наблюдением губернского архитектора Ивана Алексеевича Селехова. Церковь была открыта в 1800 году.
Архитектурно храм представляет собой двухколоколенный храм в стиле московского классицизма. Здание имеет форму латинского креста с монументальной световой ротондой, перекрытой куполом. Рукава креста обработаны дорическими портиками с высокими фронтонами. Алтарный выступ окружён венцом из спаренных колонн. К церкви примыкают приделы Михаило-Архангельский и Никольский, в которых расположена трапезная храма. Свято-Духовская церковь является архитектурным аналогом Троицкого собора Александро-Невской лавры в Санкт-Петербурге.
Богослужения в храме прекратились в 1930-х годах. В 1960-х годах здание было разорено и использовалось как склад. В начале 1990-х годов храм находился в запустении. В это время была обнаружена икона с изображением преподобного Серафима Саровского, что стало началом возрождения церковной общины. Первое богослужение после долгого перерыва было совершено 7 апреля 1996 года в день Благовещения Пресвятой Богородицы. В 1994 году была зарегистрирована церковная община, а в 1998 году начались реставрационные работы. В последующие годы удалось восстановить колокольню, повесить колокола, восстановить церковную ограду. В 2003 году в храме установили иконостас, и в дни празднования 100-летнего юбилея прославления Серафима Саровского была совершена первая Божественная литургия в главном храме — Сошествия Святого Духа.
Рядом с церковью находится могила Даниила Ивановича Васильева (умер в 1884 году) — юродивого Данилушки, блаженного Даниила, покровителя строителей, память которого чтят в селе.
В январе 2020 года в селе был открыт обелиск, посвящённый дворянскому роду Бибиковых, многие представители которого являлись выдающимися личностями. Композиция высотой 9,5 метра выполнена в виде белокаменной колонны, увенчанной бронзовым гербом рода Бибиковых.
