В 1429 году на Соловецкие острова прибыли монахи Савватий и Герман, положившие начало монашеской жизни в этом отдалённом уголке Русского Севера. После кончины Савватия Герман продолжил подвиг, и к нему присоединился преподобный Зосима. Вместе они основали монастырь.
В период с 1558 по 1566 годы, при игумене Филиппе (Колычёве), был возведён Спасо-Преображенский собор — центральное сооружение монастырского комплекса. Этот храм стал символом величия и духовной значимости обители.
Монастырь играл важную роль в обороне северных рубежей России. Его массивные стены из огромных необработанных камней, скреплённых раствором и кусками кирпичей, служили надёжной защитой от внешних угроз.
В XVII веке монастырь стал центром сопротивления церковным реформам патриарха Никона. В период с 1669 по 1676 годы обитель выдержала осаду царских войск, отстаивая традиционные обряды и устои.
В советский период монастырь был закрыт, и на его территории располагался Соловецкий лагерь особого назначения (СЛОН), ставший одним из первых исправительно-трудовых лагерей ГУЛАГа.
В 1992 году Спасо-Преображенский Соловецкий монастырь был включён в список Всемирного наследия ЮНЕСКО как объект, имеющий выдающуюся универсальную ценность.
В настоящее время монастырь действует и является значимым духовным центром, привлекая паломников и туристов со всего мира.