Спасо-Преображенский Авраамиев монастырь основан в начале XIII века, между 1210 и 1219 годами, епископом Смоленским Игнатием. Первоначально именовался Богородицким по названию деревянной церкви во имя Положения ризы Пресвятой Богородицы. Первым настоятелем стал преподобный Авраамий Смоленский, впоследствии канонизированный Русской Православной Церковью.
В период Смутного времени, во время осады Смоленска польскими войсками в 1609-1611 годах, монастырь был разорен. Главная святыня – мощи преподобного Авраамия – бесследно исчезла. С 1611 по 1634 год обитель находилась в ведении доминиканского католического ордена. Возрождение монастыря началось после возвращения Смоленска под власть Московского государства. В 1658 году царь Алексей Михайлович учредил в монастыре архимандритию.
С 1728 года при монастыре размещалась Смоленская духовная семинария, ректоры которой одновременно являлись настоятелями обители. В середине XVIII века на средства купца Бориса Пискарева был возведен каменный двухэтажный Спасо-Преображенский собор с верхним престолом в честь Преображения Господня и нижним – во имя преподобного Авраамия и Меркурия Смоленского. В 1773 году построена Введенская церковь.
В Отечественную войну 1812 года монастырь использовался французами как лазарет. В 1918 году обитель была закрыта, на ее территории размещен концентрационный лагерь. В годы Великой Отечественной войны частично разрушены Введенская церковь и ограда. После войны здания монастыря использовались под гражданские нужды.
В 2000 году монастырь был возрожден. В 2008 году Смоленской епархии возвращены монастырские здания, включая Спасо-Преображенский собор. В 2013 году завершена передача монастырских построек, включая две башни Смоленской крепостной стены.