История храма начинается в 1997 году, когда в городе Юбилейный была основана православная община. Администрация города предоставила общине подвальное помещение по адресу Парковая улица, дом 3, для проведения богослужений. На первом собрании общины было принято решение посвятить будущий храм преподобному Серафиму Саровскому. В декабре 1999 года начались подготовительные работы по строительству нового храма на Пушкинской улице. В 2000 году был завершён фундамент и начато возведение стен. 24 ноября 2000 года в новопостроенном храме была отслужена первая литургия, а 30 сентября 2001 года храм был торжественно освящён архиепископом Можайским Григорием.
Архитектура храма выполнена в традициях русского деревянного зодчества. Строение включает в себя главный храмовый корпус и колокольню. Особенностью конструкции являются арочные своды, двери, окна и фигурная кладка, что придаёт зданию уникальный облик.
В 2008–2009 годах была проведена реконструкция храма с целью увеличения внутренней площади. Рядом с храмом был построен церковный дом, в котором действуют воскресная школа для детей и взрослых, киноклуб, библиотека, а также издаются газета и функционирует официальный сайт храма.
Серафимовский храм является частью Королёвского благочиния Московской епархии Русской Православной Церкви. При храме также действует храм Новомучеников и Исповедников Церкви Русской, являющийся приписным.
