Село Пруссы с XVI века находилось во владении различных дворянских родов. По писцовым книгам 1623–1624 годов, село принадлежало князю Ивану Михайловичу Катырёву-Ростовскому. В это время в селе существовала церковь Рождества Пресвятой Богородицы с приделами Илии Пророка и Флора и Лавра. В приходных окладных книгах 1628 года упоминается та же церковь с аналогичными приделами.
В 1646 году село перешло во владение князя Никиты Ивановича Одоевского, а в 1678 году – к князю Василию Фёдоровичу Одоевскому. После его смерти, вдова княгиня Акулина Фёдоровна продала село боярину Алексею Семёновичу Шеину. После пресечения рода Шеиных, село отошло в казну и было пожаловано царицей Екатериной Алексеевной графу Семёну Леонтьевичу Гендрикову. В 1759 году владельцем стал его сын, граф Иван Семёнович, а затем его вдова, графиня Екатерина Сергеевна.
В середине XIX века сельцо Прусы относилось ко 2-му стану Московского уезда и принадлежало коллежскому асессору Марье Ивановне Крымовой. В это время в селе находилась церковь, господский дом и проживало 28 жителей.
В «Списке населённых мест» 1862 года Пруссы указаны как владельческое село с 4 дворами, православной церковью и 24 жителями. По данным переписи 1926 года, в селе проживало 63 человека, насчитывалось 7 хозяйств, функционировала трудовая коммуна.
До строительства нового храма на месте современной церкви Рождества Пресвятой Богородицы находилась старая деревянная церковь с приделами. В 1933 году храм был закрыт и частично разрушен. В годы Великой Отечественной войны на его месте располагалась конюшня, а после войны здание использовалось как склад.
В 2004 году по инициативе местных жителей и при поддержке Московской епархии началось строительство нового деревянного храма на месте разрушенного. Строительство было завершено в 2005 году, и храм был освящён во имя Рождества Пресвятой Богородицы. Архитектурно храм представляет собой деревянное здание с характерными для русской архитектуры XVII века элементами, включая двусветный четверик с небольшой луковичной главкой и шатровую колокольню.
Внутреннее убранство храма включает резной иконостас и росписи, выполненные художниками мастерской Я.Е. Епанечникова в 1877 году. В 1879 году храм посетил епископ Дмитровский Амвросий (Ключарев), викарий Московский.
