Идея создания постоянного представительства Русской Православной Церкви в Иерусалиме возникла в середине XIX века, в период активизации паломнического движения из Российской империи на Святую Землю. В 1847 году был учреждён Палестинский комитет, целью которого было содействие русским паломникам и укрепление православного присутствия в регионе. В 1858 году комитет был преобразован в Императорское православное палестинское общество.
Строительство главного здания Русской духовной миссии началось в 1860 году и завершилось в 1864 году. Внутри здания 28 июня 1864 года был освящён первый русский храм в Святой Земле во имя святой мученицы царицы Александры. В 1869 году начальником миссии был назначен архимандрит Антонин (Капустин), при котором миссия достигла значительного развития. Он активно занимался приобретением земельных участков, строительством храмов и подворий, а также археологическими исследованиями. Под его руководством были основаны Горненский женский монастырь в Эйн-Кареме, подворье Марии Магдалины в Магдале и другие объекты.
Архитектурный облик зданий Русской духовной миссии сочетает элементы русского зодчества с местными строительными традициями. Главное здание миссии выполнено в стиле русской эклектики с использованием местного камня. Внутреннее убранство храмов и подворий отличается богатой иконописью, резьбой по дереву и мозаикой. Особое внимание уделялось созданию комфортных условий для паломников, включая строительство гостиниц, трапезных и других вспомогательных помещений.
После революционных событий 1917 года и последующего разрыва связей с Московским патриархатом, Русская духовная миссия перешла в ведение Русской Православной Церкви за границей (РПЦЗ). В этот период миссия продолжала свою деятельность, несмотря на сложные политические условия. В 1948 году, после образования Государства Израиль, миссия была передана в ведение Московского патриархата. С тех пор она функционирует как официальное представительство Русской Православной Церкви на Святой Земле.
