Пророко-Ильинский мужской монастырь был образован в 1998 году при Ильинском храме села Месягутово Дуванского района Республики Башкортостан. Храм пророка Илии, вокруг которого сформировалась монашеская община, был построен в 1826 году усердием местных прихожан. Это каменное однопрестольное здание, изначально выполнявшее функции приходской церкви. Рядом с храмом находилась приходская школа.
В 1937-1938 годах Ильинская церковь была закрыта советскими властями, разграблена и подверглась разорению. В последующие годы здание использовалось под машинно-тракторную станцию. Были предприняты неудачные попытки взорвать храм, после чего в 1963 году его реконструировали под кинотеатр. Такое использование продолжалось до 1994 года, когда здание было возвращено Русской Православной Церкви.
После возвращения храма началось восстановление приходской жизни. 28 декабря 1998 года по решению епископа Уфимского и Стерлитамакского был официально учрежден Пророко-Ильинский мужской монастырь. С этого времени началось планомерное восстановление храмового комплекса. В 2013 году активизировались работы по реставрации Ильинского храма и обустройству монастырской территории.
Монастырь имеет несколько скитов: Иоанно-Богословский скит на Дубовой горе, Свято-Георгиевский скит в селе Еланыш и подворье в селе Большеустьикинское. Монастырь осуществляет духовное окормление приходов в селах Вознесенка и Дуван. Богослужения в монастырском храме совершаются регулярно, согласно монастырскому уставу.
Архитектурный ансамбль монастыря включает храм пророка Илии, братский келейный корпус и кирпичную ограду с входной аркой. Территория монастыря расположена в центре села Месягутово, на месте бывшего Месягутовского парка. Через дорогу от монастыря находится бывший дом священника, переоборудованный под трапезную.