Храм святого праведного Иоанна Кронштадтского в городе Лисаковске Костанайской области был учрежден в 1990 году. Первоначально православная община города собиралась для молитв в частной квартире. В августе 1990 года было получено официальное разрешение от городских властей на создание прихода. Название храму было дано в честь недавно канонизированного святого Иоанна Кронштадтского по благословению архиерея, прибывшего из Санкт-Петербурга, где проходили торжества по случаю прославления этого святого.
В октябре 1991 года приходу было передано помещение бывшего Дома быта, где ранее располагались ЗАГС, книжный магазин и отдел продажи бытовой техники. Первое богослужение в новом помещении состоялось 14 октября 1991 года в праздник Покрова Пресвятой Богородицы. Здание требовало значительной перестройки и адаптации для церковных нужд.
В мае 1991 года приход получил первого постоянного священника. В последующие годы велись работы по реконструкции здания: была отремонтирована кровля, установлены купола и звонница, проведены работы по выравниванию стен и монтажу систем безопасности. Позже к основному зданию были пристроены помещения для воскресной школы и трапезной.
Приходская жизнь организована согласно традициям Русской Православной Церкви. Регулярные богослужения включают всенощное бдение по субботам и литургию по воскресеньям, а также службы в двунадесятые и великие праздники. По установившейся практике в течение недели читаются акафисты: Богородице (с чередованием икон), святителю Николаю Чудотворцу, священноисповеднику Николаю Алма-Атинскому и святому праведному Иоанну Кронштадтскому.
Храм является частью Костанайской и Рудненской епархии Казахстанского митрополичьего округа Русской Православной Церкви. Престольный праздник отмечается 2 января по новому стилю, в день памяти святого праведного Иоанна Кронштадтского.