Свято-Алексиевская пустынь была основана в конце XIX века как женская монашеская обитель Феодоровского монастыря. В 1891 году на средства купчихи Анны Афанасьевны Ашукиной был заложен храм во имя преподобного Алексия, человека Божия. Храм был построен в эклектическом стиле с элементами классицизма и освящён в 1903 году. В советский период пустынь была разрушена, а её восстановление началось в 1991 году под руководством священника Алексия Василенко.
Гимназия была создана как часть возрождения духовной жизни в пустыни и названа в честь протоиерея Василия Лесняка, духовного наставника отца Алексия. Первоначально в гимназии обучалось 11 учеников при 7 педагогах. В настоящее время гимназия обучает более 200 учеников и имеет свыше 40 педагогов. Образовательный процесс основан на принципах русской классической школы и включает изучение древнегреческого и латинского языков.
Архитектурный комплекс гимназии включает учебные корпуса, общежития, спортивные и культурные объекты. Здания построены в традиционном русском стиле, гармонирующем с архитектурой восстановленного храма. В гимназии функционируют библиотека с фондом более 90 тысяч томов, музей-часовня протоиерея Василия Лесняка и другие культурные учреждения.
В 2012 году гимназия стала победителем конкурса «За нравственный подвиг учителя» в номинациях «Духовно-нравственное воспитание в образовательном учреждении» и «Лучшее педагогическое исследование года». В 2014–2015 учебном году гимназия была включена Министерством образования и науки в рейтинг лучших школ России.
