История храма восходит к концу XVII века. Согласно преданию, в 1685 году, при князе Якове Ефимовиче Мышецком, была построена церковь в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Строительство велось в стиле раннего барокко, что отражало архитектурные тенденции того времени.
В 1822 году владельцем села Мышецкое стал генерал-майор Денис Васильевич Давыдов, известный герой Отечественной войны 1812 года. Его усилиями храм был отремонтирован: заменено покрытие, настелены новые полы. Это свидетельствует о его заботе о духовной жизни местного населения и сохранении архитектурного наследия.
В 1840-х годах село перешло во владение Платона Васильевича Голубкова, известного благотворителя, издателя и географа. Он выделил около 70 тысяч рублей серебром на ремонт и расширение Покровского храма. В этот период к храму были пристроены два придела: Святой Троицы и иконы Феодоровской Божьей Матери, а также возведены колокольня и трапезная. Кроме того, появилась чугунная ограда, что придало храму завершённый архитектурный облик.
Однако в 1918 году, после революционных событий, храм был закрыт. Его здание использовалось под клуб и контору колхоза. К 1941 году здание церкви было полностью разобрано, и на протяжении нескольких десятилетий храм не функционировал.
В 2003 году началось строительство нового кирпичного шатрового Покровского храма на месте утраченного. Новый храм был возведён с учётом традиций русской православной архитектуры, что позволило сохранить историческую преемственность и восстановить духовный центр деревни Мышецкое.