В 1630 году впервые упоминается сельцо Макеево, на территории которого в 1695 году по инициативе князя Фёдора Ивановича Мещерского была построена деревянная церковь во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Антиминс для престола был подписан 21 января 1695 года, а первый настоятель, отец Артемий Афанасьев, получил в пользование участок церковной земли, выделенный князем Мещерским.
В начале XVIII века, после смерти князя Мещерского, его вдова, княгиня Матрёна Илларионовна Мещерская, в 1708 году продала село дьяку Адриану Григорьевичу Ратманову. В дальнейшем село неоднократно переходило от одного владельца к другому, пока в середине XVIII века не оказалось во владении дворян Голохвастовых. В этот период село получило второе название — Мещерское, в память о первых владельцах, князьях Мещерских, а прежнее название Макеево постепенно вышло из употребления.
На рубеже XVIII—XIX веков, при владельце села Николае Петровиче Голохвастове, из-за отсутствия средств на содержание клира и ветхости здания, приход утратил самостоятельность, и храм был приписан к соседней каменной церкви Спаса Нерукотворного в селе Прохорово.
В 1815 году село Мещерское было получено в приданое за супругой Натальей Фёдоровной Колычёвой бароном Львом Карловичем Боде. В 1847 году, получив благословение митрополита Московского Филарета (Дроздова), барон Боде ходатайствовал перед Святейшим Синодом и получил разрешение на строительство каменного домового храма с часовней-усыпальницей возле него. Строительство велось по проекту архитектора Ф. Ф. Рихтера и было завершено в 1853 году, когда митрополит Филарет освятил новый храм. Богослужения в нём совершал благочинный священник, настоятель Спасской церкви в Прохорово, отец Иоанн.
После кончины Льва Карловича Боде в 1859 году его прах был захоронен в часовне — родовом склепе с южной стороны храма. Во второй половине XIX века прах был перенесён в Спасское-Лукино, где Михаил Львович Колычёв-Боде построил усадьбу, ныне известную как летняя резиденция Патриархов Московских и всея Руси в Переделкине.
В 1869 году храм из домового был переименован в приписной. В 1891 году Московская земская управа приобрела имение и устроила в нём психиатрическую лечебницу, после чего церковь перешла в разряд домового больничного храма. В 1895 году Московское губернское земство ходатайствовало перед епархиальным начальством об утверждении самостоятельного прихода с назначением священника и псаломщика. В том же году при лечебнице открылось церковное кладбище для умерших душевнобольных и служащих больницы.
В 1900 году настоятелем храма был священник Сергей Васильевич Георгиевский, который также исполнял обязанности законоучителя в местной школе. В 1906 году старостой храма был врач, директор больницы Михаил Платонович Глинка. В 1910 году, по разрешению Московской духовной консистории, в Покровском храме были отреставрированы иконостас и иконы.
В 1917 году настоятелем был назначен выпускник Московской духовной семинарии священник Николай Евгеньевич Павловский, награждённый Святейшим патриархом Тихоном золотым наперсным крестом. В 1920-е годы предпринимались попытки закрыть храм, но они были отражены православными сотрудниками больницы, которые в 1919—1923 годах составили Покровское православное общество и оформили в пользование общины здание храма и колокольни. Больничных служащих поддержали крестьяне села Мещерского.
