Первые упоминания о Покровском погосте с церковью в честь Покрова Пресвятой Богородицы в селе Головково встречаются в писцовых книгах Клинского уезда за 1624–1625 годы. В 1762 году в селе находилась деревянная Покровская церковь. В 1786 году на месте разобранной старой церкви была возведена новая деревянная, с резным вызолоченным иконостасом.
В 1852–1864 годах на средства жителей села была построена новая каменная церковь во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Церковь относится к стилю классицизм, автор проекта — архитектор М. Д. Быковский.
Архитектура храма выполнена в византийских традициях XI–XIV веков. Вместе с христианством Русь приняла от Византии основы церковного зодчества.
В советский период храм, как и многие другие религиозные сооружения, подвергся закрытию и использовался для различных хозяйственных нужд. Однако, благодаря усилиям местных жителей и верующих, здание сохранилось и в последующие годы было возвращено Русской Православной Церкви.
