Точная дата основания монастыря неизвестна, однако первое упоминание об обители содержится в летописи 1308 года. Предполагается, что монастырь был основан при князе Юрии Даниловиче и святителе Петре, митрополите Московском. Изначально это была смешанная обитель, где подвизались как старцы, так и старицы.
В 1330-х годах в монастыре приняли монашеский постриг родители преподобного Сергия Радонежского — преподобные Кирилл и Мария. В 1337 году они скончались и были похоронены в Покровском храме монастыря. Могилы преподобных Кирилла и Марии стали главной святыней обители, привлекая множество паломников.
К 1504 году монастырь преобразован в женский. В 1544 году царь Иван Грозный передал обитель в управление Троицкому монастырю, однако это не значительно улучшило её положение. В 1580 году к существующей деревянной Покровской церкви была добавлена деревянная Никольская церковь. В 1644–1648 годах на средства стольника Василия Янова Покровский храм был отстроен в камне, став первым каменным строением на территории монастыря.
В XVIII веке монастырь продолжал развиваться. В 1742–1745 годах были построены Святые ворота, обращённые к Троице-Сергиевой лавре. В 1781 году возведена ограда монастыря с четырьмя башенками, а в 1791 году над Святыми воротами сооружена надвратная церковь во имя Рождества Иоанна Предтечи. В 1812–1816 годах на месте храма XVII века построен Покровский собор — пятиглавый храм в стиле классицизма с портиками коринфского ордера и ленточным рустом. В соборе находятся мощи преподобных Кирилла и Марии.
В 1834 году в центре монастыря была возведена четырёхъярусная колокольня с часами, придавшая архитектурному ансамблю композиционную целостность. В 1851–1852 годах построена объездная дорога, и сквозной проезд через монастырь был перекрыт. Колокольня была разобрана в 1930-х годах.
В 1900–1904 годах при игуменье Филарете II (Меркурьевой) по проекту архитектора Александра Латкова был построен Никольский собор в византийском стиле. Собор представляет собой одноглавый храм крестово-купольного типа с высоким световым барабаном и позолоченным куполом. Росписи собора выполнены в 1911 году.
В 1922 году, после Октябрьской революции, монастырь был закрыт. Монашеская жизнь возобновилась в 1989 году, когда состоялся первый молебен и начались восстановительные работы. В 1992 году монастырю был присвоен статус ставропигиального, что означает его непосредственное подчинение Патриарху Московскому и всея Руси.
