В 1900 году было принято решение о строительстве подворья Валаамского монастыря в Москве. Земельный участок на 2-й Тверской-Ямской улице был приобретён благодаря пожертвованию коммерсанта и благотворителя С. С. . Проект здания разработал архитектор Александр Иванович Рооп. К 1901 году строительство было завершено, и подворье включало в себя храм во имя преподобных Сергия и Германа Валаамских чудотворцев. Фасад здания выполнен в русско-византийском стиле, с использованием гранита и мрамора, привезённых с Валаама, что символизировало связь с монастырём. Колонны первого этажа также были доставлены с острова, позволяя паломникам прикоснуться к частице Валаама. Роспись стен храма выполнили художники Виктор Васнецов и его ученики, а иконы для иконостаса написал Василий Гурьянов. В октябре 1901 года митрополит Московский и Коломенский Владимир (Богоявленский) освятил здание. К этому времени братия подворья насчитывала около 100 человек, а вместимость храма составляла примерно 1000 человек.
После революции 1917 года подворье столкнулось с серьёзными испытаниями. Новые власти приказали снять крест и звонницу с купола, сам купол был закрыт брёвнами, а вход в часовню и окна заложены. Несмотря на то, что подворье являлось представительством Финляндии, советская власть не признала его иностранный статус. В 1922 году из храма была изъята серебряная утварь для помощи голодающим Поволжья. Верхний этаж здания был отведён для проживания женщин, а богослужения продолжались до 1924 года, после чего монахи были вынуждены покинуть подворье. Часть братии уехала в Финляндию, некоторые остались в Москве. Окончательно подворье было закрыто в 1926 году, многие насельники подверглись арестам. В 1930-х годах в здании разместилась поликлиника, помещения были разделены перегородками, росписи закрашены, а в часовне устроена регистратура. Во время Великой Отечественной войны комплекс переоборудовали в госпиталь, где проводил операции доктор медицинских наук Валентин Войно-Ясенецкий, будущий архиепископ Лука.
К началу 1990-х годов здание подворья находилось в аварийном состоянии, и рассматривался вопрос о его сносе. Однако в 1993 году, благодаря усилиям Валаамского Спасо-Преображенского монастыря, здание было возвращено Русской Православной Церкви, и начались восстановительные работы. В бывшей часовне был устроен временный храм, где в том же году состоялась первая литургия. К 1994 году был реконструирован основной храм, установлен новый иконостас, а в 1997 году, при поддержке меценатов, восстановлены купол и звонница. В 1998 году нижний храм был освящён в честь святого благоверного князя Александра Невского.
В 2017 году на подворье были проведены работы по восстановлению исторического облика центрального входа в здание. По сохранившимся архивным фотографиям был воссоздан полукруглый навес, обрамляющий вход в храм, который со временем был утрачен. Благодаря усилиям специалистов, навес теперь выглядит так же, как при строительстве подворья в начале XX века.
В настоящее время при подворье действуют воскресная школа, образовательные программы для взрослых, богословский лекторий и открытый кинотеатр. Священнослужители проводят просветительские беседы с прихожанами, продолжая традиции духовного просвещения, заложенные основателями подворья. В 2018 году на подворье был открыт музей его истории, экспонаты которого относятся к 1980-м годам.
