История храма восходит к концу XVII века и связана с Никольской церковью на погосте Пять Крестов. В 1688 году на реке Семиславке погибли пять воинов, в память о которых князь Яков Осипович Щетинин воздвиг деревянную церковь святителя Николая Чудотворца и установил памятник, известный как Пять Крестов. Эта церковь служила духовным центром для местных жителей на протяжении нескольких столетий.
По описаниям старожилов, церковь была двухэтажной: на первом этаже располагалась ризница, на втором — молельная. Здание было деревянным, оштукатуренным и окрашенным охрой, с зелёными куполами. Ограда церкви состояла из пяти пролётов, представляя собой деревянный забор жёлтого цвета с кирпичными столбами. Вокруг церкви находились массовые захоронения бояр до петровских времён XVI века. В 1837 году перед церковью был похоронен боярин Норов, его склеп был отмечен чёрной мраморной плитой.
В 1902 году на погост пришёл служить священник Николай Невский, ставший последним настоятелем Никольской церкви. В 1937 году, в период антирелигиозной кампании, церковь была закрыта и перестроена под общежитие. Территория погоста была отдана под строительство частных домов, что привело к уничтожению большинства захоронений. Зимой 1956—1957 годов церковь сгорела, предположительно в результате поджога.
В 2006 году инициативная группа жителей Москворецкого квартала Воскресенска получила благословение митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия на строительство нового храма. Администрация Воскресенского района выделила земельный участок в 800 метрах от места расположения старой церкви. 19 декабря 2007 года, в день памяти святителя Николая Чудотворца, на месте будущего строительства был совершён первый молебен с водоосвящением.
9 октября 2011 года во временном помещении храма была совершена первая Божественная литургия. 5 апреля 2015 года в новом, ещё недостроенном храме, благочинный Воскресенского округа протоиерей Сергий Якимов совершил первую литургию. В настоящее время строительство и благоустройство территории продолжается.
Архитектурно новый Никольский храм представляет собой традиционное православное здание с элементами русского зодчества.
