Первое упоминание о церкви святителя Николая Чудотворца в селе Субботино относится к XV веку, когда на территории поместья Юрия Пушечникова существовал деревянный храм. Однако в период Смутного времени (начало XVII века) и село, и церковь были уничтожены польско-литовскими интервентами, после чего место стало пустошью.
В 1669 году пустошь была пожалована Прокофию Воейкову, и началось её повторное заселение. К 1761 году Пётр Алексеевич Смирнов, представитель рода Воейковых, инициировал строительство каменного храма на месте прежнего деревянного. Строительство продолжалось до 1764 года, когда храм был завершён и освящён. По другим данным, строительство было завершено в 1759 году.
Архитектурно храм выполнен в стиле елизаветинского барокко, что является редкостью для Подмосковья. Он представляет собой бесстолпное кирпичное одноглавое и однопрестольное здание с небольшой трапезной и трёхъярусной колокольней.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной кампании, храм был закрыт, а его имущество конфисковано. Здание использовалось в хозяйственных целях, что привело к утрате многих элементов внутреннего убранства и архитектурных деталей.
