История храма начинается с основания Васильевского погоста, расположенного на берегу реки Пахры. В XIV веке на этом месте существовала деревянная церковь во имя святителя Василия Великого. С течением времени погост стал важным духовным центром для окрестных поселений.
В XV веке произошло событие, которое оказало значительное влияние на дальнейшую судьбу погоста. По преданию, местные жители обнаружили на реке Пахре плывущую против течения икону святителя Николая Чудотворца. Эта икона была извлечена из воды и помещена в церковь на погосте. В честь этого события храм был переосвящён во имя святителя Николая, а икона получила название Никола Пахринский.
В 1649 году старица московского Новодевичьего монастыря Феодосия Васильевна Морозова, дочь боярина Василия Петровича Морозова, построила на свои средства новую деревянную церковь на Васильевском погосте. Этот храм просуществовал до начала XIX века, когда в 1815 году был разобран из-за ветхости. На его месте возвели каменную часовню в честь святителя Николая Чудотворца, которая была приписана к Знаменской церкви в селе Захарьино.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной политики советской власти, многие храмы и часовни подверглись разрушению или перепрофилированию. Каменная часовня на Васильевском погосте была разобрана перед Великой Отечественной войной, а материалы использованы для хозяйственных нужд местных жителей.
Впоследствии, в 2000-х годах, на месте разрушенной часовни была построена новая деревянная часовня, которая ныне приписана к Никольской церкви в селе Стрелково. Васильевский погост на Пахре при Лопенке признан памятником археологии.
