Село Малышево известно с XVI века. В середине XIX века оно принадлежало княгине Анне Александровне Голицыной. 19 февраля 1908 года жители деревень Юрасово, Малышево и Кузнецово обратились с прошением построить новый деревянный тёплый храм во имя святителя Николая Чудотворца. Средства на строительство храма предоставили прихожане и внук княгини Голицыной, Александр Александрович Прозоровский-Голицын. Был составлен подписной лист с капиталом в 6850 рублей. Землю под храм и кладбище выделили жители указанных деревень, предоставив по две десятины в бесплатное пользование причта.
В 1910 году состоялась закладка храма, а в 1912 году он был освящён. В начале 1913 года внутри храма были устроены приделы: во имя святых бессребреников Космы и Дамиана и в честь Собора Архистратига Михаила. Храм строился на собранные средства «ревнителей и жертвователей» крестьян деревень Малышево, Кузнецово и Юрово. Существенную лепту в строительство храма внёс «Его Сиятельство Александр Александрович Голицын-Прозоровский», которого крестьяне именовали в своём прошении на имя Высокопреосвященнейшего Митрополита Московского и Коломенского и священно-архимандрита Свято-Троицкой Сергиевой Лавры Господина нашего Владимира жертвователем и ревнителем православия «Светлейший наш и родной Князь». Участие в строительстве храма принимало и общество Московско-Казанской железной дороги. Строитель храма Иван Парфёнов Евдокомов вместе со своим братом Василием Парфёном Евдокимовым были состоятельными крестьянами, но разорились на строительстве. Много недоброжелателей было против строительства храма при деревнях Малышево, Юрово и Кузнецово, жители которых желали иметь свой храм, так как им приходилось добираться на молитву в храм за 15 вёрст в Фаустово, где находился храм Зосимы и Савватия Соловецких чудотворцев.
В советское время храм не закрывался, но несколько лет богослужение в нём не совершалось из-за отсутствия священников, которые были репрессированы. 17 февраля 1938 года на Бутовском полигоне был расстрелян настоятель храма Иоанн Алешковский, архиерейским собором 2000 года причисленный к лику святых как священномученик. Удивительно, что храм долгое время стоял с открытыми окнами и дверями, но не разорялся. Жители близлежащих селений молились в церкви по ночам.
Со времени Великой Отечественной войны в храме регулярно совершаются богослужения. С 1981 года проводились различные строительные работы. В храме имеется почитаемая Иерусалимская икона Божией Матери. Особое благодарение совершается на второй седмице по Пятидесятнице — в память избавления жителей Бронницкого уезда от морового поветрия в XIX веке. Кроме того, почитаются иконы святых мучеников Космы и Дамиана, Архангела Михаила и другие.
При храме действует воскресная школа и церковная библиотека. Фундамент библиотеки был заложен с разрешения архитектурного отдела и Раменского горисполкома, однако из-за недостатка средств строительство было приостановлено. В настоящее время завершение строительства затруднено из-за ограничений, накладываемых Министерством культуры Московской области.
