Согласно местному церковному преданию, история возникновения храма необычна. Однажды крестьянин обнаружил на сенном стогу икону святителя Николая Чудотворца. Он отнес ее в близлежащий храм села Слотино и передал священнику. Однако на следующее утро икона вновь оказалась на том же стогу. После повторного переноса иконы в храм и ее возвращения на стог, одному из благочестивых жителей села во сне явился святитель Николай и повелел построить храм на месте обретения иконы. В память об этом событии была сооружена церковь, а местность получила название "Стогово".
В 1802–1803 годах на средства митрополита Новгородского Амвросия (Подобедова), родившегося в этих местах, был построен каменный однокупольный храм в стиле провинциального классицизма с небольшой трапезной и колокольней.
В годы советской власти храм разделил судьбу многих православных святынь. Он был почти полностью разрушен: уцелела лишь трапезная часть, тогда как алтарная часть и колокольня были уничтожены. Долгое время церковь не числилась ни на одном балансе и пребывала в запустении.
В 1996 году уцелевшая трапезная была передана верующим. С этого момента начались работы по восстановлению храма. В настоящее время храм восстановлен, и в нем проводятся богослужения.
