Село Аксиньино, ранее известное как Никольское, впервые упоминается в исторических источниках XV века. В этот период оно принадлежало московским митрополитам, что подчёркивает его религиозное и административное значение. Уже тогда в селе существовал храм во имя святителя Николая Чудотворца.
В начале XVII века, в период Смутного времени, храм был уничтожен в результате пожара, предположительно связанного с литовским разорением. Однако уже в 1629 году он был восстановлен.
В конце XVII века Никольский храм служил подворьем Саввино-Сторожевского монастыря. Согласно преданию, царь Алексей Михайлович, посещая монастырь, останавливался в Аксиньино. С XVIII века храм стал приходским, обеспечивая духовное окормление местного населения.
Нынешнее здание храма было возведено в период с 1865 по 1874 годы. Архитектура церкви выполнена в традициях русского храмового зодчества XVII века, что подчёркивает преемственность архитектурных традиций. Предполагается, что проект храма разработал архитектор Владислав Грудзин, известный своими работами в русском стиле.
Архитектурно храм представляет собой одноглавое здание с трапезной и шатровой колокольней. Главный престол посвящён святителю Николаю Чудотворцу, а в трапезной расположены два придела: Троицкий и Покровский. Такая композиция характерна для русского храмового зодчества и отражает традиционные каноны православной архитектуры.
В 1937 году, в период гонений на церковь, храм был закрыт и подвергся значительным повреждениям. Священник Георгий Колоколов, служивший в храме с 1904 по 1931 годы, был арестован и расстрелян на Бутовском полигоне 9 декабря 1937 года. В 2000 году он был канонизирован как священномученик на юбилейном Архиерейском соборе Русской Православной Церкви.
Возрождение храма началось в 1990 году, когда здание было возвращено Русской Православной Церкви. Были проведены реставрационные работы, направленные на восстановление первоначального облика храма. В настоящее время Никольский храм действует, являясь духовным центром для местных жителей и памятником архитектуры, отражающим богатую историю и культурное наследие села Аксиньино.
