Первые упоминания о селе Северское относятся к XIV веку. В 1634 году в селе была построена деревянная церковь в честь великомученика Никиты. В 1787 году, по инициативе владельца села Петра Измайлова, на месте деревянного храма был возведен каменный храм в стиле барокко. В 1885 году было получено разрешение на строительство теплых приделов, и к 1887 году были освящены два боковых придела в честь святителя Петра Митрополита Московского и великомученицы Агафьи. В этот же период была построена колокольня.
В 1939 году храм был закрыт. После закрытия начался демонтаж сооружения: были разобраны ограда, колокольня, приделы и верхняя часть храма. Оставшаяся нижняя часть здания была переоборудована под магазин, что привело к утрате многих архитектурных и декоративных элементов.
В 1995 году богослужения возобновились в здании бывшей церковной сторожки, расположенной напротив храма. В 1996 году была зарегистрирована приходская община, которая начала работы по восстановлению храма. В 2005 году здание храма было передано общине, и на Пасху 2007 года в нем была отслужена первая Божественная литургия после длительного перерыва. С этого момента богослужения стали регулярно проводиться в храме.