Мужской монастырь в честь Святых Новомучеников Российских был учреждён 6 октября 1999 года решением Священного Синода Русской Православной Церкви (журнал №106) по ходатайству епископа Новосибирского и Бердского. Монастырь стал первым монастырём в черте города Новосибирска. Он был образован на основе прихода в честь Всех Святых, который существовал с 1993 года при переоборудованном здании бывшего кинотеатра «Луч» на улице Новогодней, 24.
Освящение храма Всех Святых состоялось 31 декабря 1993 года. В 1994 году приходу была передана территория на пересечении улиц Ватутина и Немировича-Данченко для строительства нового храмового комплекса. Строительство храма в честь Святых Новомучеников Российских началось в 1994 году под руководством протоиерея Николая Чугайнова. Место под строительство было освящено 29 августа 1994 года.
В 1996 году началось формирование монашеской общины, которая стала основой будущего монастыря. В апреле 2003 года на строящийся храм был установлен купол, который освятил архиепископ Новосибирский и Бердский. Храм в честь Святых Новомучеников Российских был окончательно освящён 25 июня 2005 года.
Монастырь имеет домовый храм, освящённый в честь преподобного Серафима Саровского, где совершается ежедневное монашеское правило. При монастыре действует воскресная школа для детей. Священнослужители монастыря осуществляют духовное окормление осуждённых в местах лишения свободы, где были построены храмы-часовни.
29 мая 2013 года наименование монастыря было изменено на «Епархиальный мужской монастырь в честь Новомучеников и Исповедников Церкви Русской». В настоящее время монастырю принадлежат храм на улице Немировича-Данченко, братский корпус на улице Мира и часовня в честь Владимирской иконы Божией Матери.