В 1993 году в здании бывшего кинотеатра «Луч» была устроена церковь во имя Всех Святых. Здание было перестроено: над центром сооружения надстроена деревянная шатровая звонница. Освящение храма состоялось 31 декабря 1993 года. Это был первый православный приход на левом берегу города.
6 октября 1999 года, по ходатайству Преосвященного Сергия, епископа Новосибирского и Бердского, и по благословению Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, решением Священного Синода приход во имя Всех Святых был преобразован в монастырь святых Новомучеников Российских. Община приобрела официальный статус, и был организован первый монастырь в черте города Новосибирска.
В монастыре был устроен домовой храм, освящённый в честь преподобного Серафима Саровского. В 2006 году в храме во имя Всех Святых была окончена установка самой большой в мире иконы «Всех Святых», расположенной на потолке храма.
С 1998 года были возобновлены строительные работы по возведению храма в честь святых Новомучеников Российских. В апреле 2003 года был поднят купол, освящённый архиепископом Новосибирским и Бердским Тихоном. Храм был освящён 25 июня 2005 года.
При храме действует детская воскресная школа с октября 2001 года. Священнослужители монастыря окормляют осужденных в местах лишения свободы (УФ91/2 и УФ91/18). В 18-й колонии построен храм-часовня в честь Владимирской иконы Божией Матери. Иконостас, престол, жертвенник и другая церковная утварь изготовлены руками осужденных.
