Обитель входит в состав Симферопольской и Крымской епархии Русской Православной Церкви.
Монастырь основан предположительно в VIII–IX веках иконопочитателями, что подтверждается архитектурными особенностями и расположением обители. Он находится на склоне горы Ай-Тодор (в переводе с греческого — «Святой Феодор»), вблизи Сюйреньской крепости, которая служила оборонительным пунктом на северных границах княжества Феодоро. Соседство с крепостью обусловлено необходимостью защиты монастыря и его обитателей в случае военных угроз.
Архитектурный комплекс монастыря включает более 50 пещер, расположенных в четыре яруса. Пещеры служили различным целям: кельи монахов, трапезная, складские помещения, покои эконома и главный пещерный храм площадью около 150 м². Храм устроен в естественной пещере с вырубленной апсидой, алтарной преградой и нишами в стенах. Внутри храма обнаружены усыпальницы, в том числе четыре могилы в полу.
В 1475 году, после захвата Крыма Османской империей и падения княжества Феодоро, монастырь был разрушен, и духовная жизнь в нём прекратилась. На протяжении последующих столетий обитель находилась в запустении.
Возрождение монастыря началось в начале 2000-х годов. В 2003 году митрополит Симферопольский и Крымский Лазарь благословил восстановительные работы. К 2007 году были обустроены деревянная звонница и купель у источника. В 2011 году Священный Синод Русской Православной Церкви принял решение об открытии монастыря во имя святого великомученика Феодора Стратилата в селе Малое Садовое.
В последующие годы были проведены работы по восстановлению монастырского комплекса: установлены иконостас и новый Престол, открыта паломническая гостиница, построено монастырское подворье. В 2011 году был совершен первый за 500 лет монашеский постриг. Монастырь стал объектом культурного наследия федерального значения.
