В 1903 году в селе Козиха была построена деревянная приходская церковь во имя Архистратига Михаила. Освящение храма состоялось в 1906 году, его совершил святитель Макарий (Невский), архиепископ Томский и Барнаульский. Церковь была возведена на пожертвования местных жителей и стала духовным центром села. В состав прихода входило село Козихинское Барнаульского уезда. При храме действовала церковная школа грамоты и училище гражданского ведомства. В 1908 году было создано церковно-приходское попечительство.
В период гонений на Русскую Православную Церковь в 1930-х годах храм был закрыт и разрушен. 21 ноября 1930 года, в день престольного праздника, священник Василий Красноперов был арестован и впоследствии расстрелян по обвинению в антисоветской агитации. На месте разрушенной церкви в 1970-х годах был построен кирпичный гараж.
В 1997 году монашеская община, ранее находившаяся в селе Малоирменка, переехала в село Козиха. Им был передан заброшенный кирпичный гараж на месте бывшего храма. С января по апрель 1997 года велась подготовка помещения для богослужений, и на Пасху того же года состоялось первое богослужение. В последующие годы была завершена внутренняя перепланировка здания, включающая обустройство храма, келий и трапезной. Постепенно благоустраивалась территория монастыря, возводилась кирпичная ограда. Были построены мастерские: столярная, слесарная и швейная. Монастырь начал заниматься сельским хозяйством, разведением крупного рогатого скота и лошадей, а также земледелием. В районе села Кирза была организована пилорама для обеспечения строительных нужд обители.
