Марфо-Мариинский женский монастырь в Белгороде был учреждён определением Священного Синода Русской Православной Церкви от 28 декабря 1999 года. Монастырь образован при Покровском храме, восстановление которого началось в 1993 году. Храм Покрова Пресвятой Богородицы, построенный в 1791 году в стиле раннего классицизма, был закрыт в конце 1920-х годов и использовался как тюрьма для пересыльных, а позднее как механические мастерские. В 1991 году здание возвращено Русской Православной Церкви, и к 1995 году завершены основные реставрационные работы.
В состав монастырского комплекса входит Успенско-Николаевский собор, возведённый в 1701–1703 годах на средства, пожалованные Петром I. Собор, построенный московскими мастерами с элементами московского барокко, является древнейшим каменным храмом Белгородской земли. В XVIII веке здание пострадало от пожара, но было восстановлено. В 1930-х годах собор закрыли, разрушили колокольню и использовали как тюрьму, а после Великой Отечественной войны разместили хлебозавод. В 1998 году собор передан Церкви и отреставрирован к 2005 году.
На территории монастыря в 1998 году сооружена часовня в честь Новомучеников и исповедников Российских на месте расстрелов духовенства и мирян в годы гонений. Монастырь следует уставу Марфо-Мариинской обители милосердия, основанной в Москве в 1909 году великой княгиней Елизаветой Фёдоровной. Богослужебная жизнь обители включает ежедневное совершение литургии и вечернего богослужения.