Кылтовский Крестовоздвиженский монастырь был основан в конце XIX века как первая женская обитель на территории Республики Коми. Инициатива его создания возникла в 1860-х годах в связи с отсутствием женских монастырей в зырянских землях. Первоначально планировалось устроить обитель в Вотче или Усть-Выми, но из-за недостатка средств реализация проекта откладывалась.
В 1888 году началось строительство монастыря на месте, известном как Крестовый Стан. Это название связано с легендой о деревянном кресте, установленном отшельником Василием Пестеревым в начале XIX века. По преданию, после смерти отшельника крест начал излучать свет, что привлекло внимание местных жителей. Данный крест сохранялся в монастыре как святыня.
Основной вклад в создание монастыря внес архангелогородский купец Афанасий Булычев, владелец Сереговского солеваренного завода. В 1892 году он пожертвовал 2,5 тысячи десятин земли и 17,5 тысяч рублей на содержание обители. К 1894 году были построены деревянная Стефановская церковь, жилые и хозяйственные корпуса. Первыми насельницами стали монахини из Шенкурского монастыря во главе с игуменьей Филаретой.
В последующие годы монастырь значительно расширился. К 1911 году на его территории находилось 44 постройки, включая каменный пятиглавый собор в русско-византийском стиле, освященный в честь преподобных Зосимы и Савватия Соловецких. В обители действовали золотошвейная и иконописная мастерские, единственные в Коми крае. Монастырь вел обширное хозяйство, включавшее земельные угодья, смолокуренный и гончарный заводы.
В 1918 году монастырь был закрыт советской властью, хотя монашеская община продолжала существовать в форме трудовой артели до 1923 года. В последующие годы на территории обители размещались детский городок для беспризорников, сельскохозяйственное отделение Ухтпечлага и Севжелдорлага. Многие насельницы были репрессированы.
С 1971 года сохранившиеся постройки монастыря находятся под охраной государства как памятники архитектуры. В 1995 году монашеская жизнь в обители возобновилась. В настоящее время на территории монастыря действуют два храма: преподобного Афанасия Афонского и преподобных Зосимы и Савватия.