Он является частью Кылтовского Крестовоздвиженского монастыря, основанного в конце XIX века.
Монастырь был основан в 1878 году архангелогородским купцом первой гильдии Афанасием Васильевичем Булычёвым, владельцем Серёговского солеваренного завода. Он пожертвовал землю для строительства монастыря и богадельни. В 1894 году был построен кирпичный собор преподобных Зосимы и Савватия Соловецких чудотворцев. На территории монастыря также находились сестринский корпус, мастерские и другие хозяйственные постройки.
Церковь Афанасия Афонского была построена между 1995 и 1997 годами. Она расположена на втором этаже восстановленного сестринского корпуса монастыря. Внутри обустроена небольшая домовая церковь, где регулярно проводятся службы.